在八旗兵驻足不前的时候，宁远城内的孙承宗，刘毅，卢象升等人自然也是没闲着。三人分头行动，一方面孙承宗委派程仲和孙安共同负责城中防务，目前八旗军没有动静，不代表会一直没有动静。皇太极现在肯定千方百计想要收集城内的情报，一旦得知城内的具体情况恐怕他们就会进攻，刘毅也进行了换位思考，想想如果自己手握五六万雄兵，而城内虽然有强劲对手，但是自己的手上也有重炮，在装备上没有代差，且人数上占据绝对优势，作为一代雄主，冒险一试的胆量肯定是有的，所以在自己的传令兵将信息传回召唤水师来援之前，保不齐皇太极就会攻打宁远。毕竟宁远城可不是京师那种墙高院深的城池，蒙古军打不下是因为他们的火器不行，且战术落后，装备军械不比明军。若是换成金兵前来攻打，恐怕早就已经打下来了，从某种意义上说，金兵的装备不比辽东军差。
程仲将城内剩下的士兵，民壮组织起来，继续拆除闲置的民房，对城墙进行修复，并且将城门洞里的石块木头清除，组织城里的百姓，抢修小瓮城。这就等于给城门上了一道保险，即便敌军突破了城门，也会在瓮城里被困住，这样总比将士们用生命去填城门洞的好，在瓮城上居高临下对敌军进行打击，冲进城的满蒙联军落不着好。
孙承宗负责城内，刘毅自然是负责城外，青弋军在前次的战斗中除了死伤数十人外，并没有什么其他损失，因为是偷袭，加上当时的局面混乱，敌军在不知虚实的情况之下一阵大乱，这才被青弋军钻了空子，打的一败涂地。所以青弋军的损失才会这么小。既然青弋军全是骑兵，正好在城外布防。刘毅将队伍化整为零，像是张开了一张大网，围绕宁远城展开刘毅称之为麻雀战的战术，专门针对皇太极的斥候进行打击，实施对宁远城的战场遮蔽。不得不说，这个战术的效果出奇的好。皇太极派出的哨探一旦接近宁远城就会有很大几率被青弋军的骑兵锁定，然后进行歼灭，以至于皇太极的满蒙联军派出的百余队斥候除了被歼灭了一大半以外，剩下的竟然都靠近不了宁远城十里的范围以内，这还怎么侦查宁远城的情况，更不用说和宁远城内的细作进行接触，皇太极数日以来根本弄不到一点有价值的情报。迟迟无法对宁远城的情况作出判断，白白浪费了大量的时间。
而卢象升的天雄军也没有闲着，因为天雄军在城外的战斗中遭受重创，只剩下四千余人，并且其中还有丧失战斗力的几百名重伤员，所以实际能作战的兵力恐怕只有四千不到，在这种情况下，孙承宗给卢象升的命令是在宁远城内进行休整，什么也不用干。确实，天雄军需要进行整编，在和蒙古军硬拼的战斗之中，大量的部队成建制的损失，并且剩下的部队编制也是零零散散，有的总旗只剩下十几个人，最惨的是有一个千总不过剩下了几名士兵。所以对于天雄军的整编迫在眉睫。但卢象升和天雄军的官兵们依然保持着高昂的斗志，他们不愿意一直在城内歇着，总要出些力气，在卢象升的再三请求下，孙承宗只能答应卢象升的兵马一边重新整编，一边协助维持城内的秩序，并且清查细作。正好程仲带领人马都去修补城墙了，城内反而空虚，有卢象升的天雄军在城内巡逻，对于安定城内百姓的民心也是有莫大的好处。可还别说，天雄军巡城之后颇有收获。捣毁了好几个皇太极的细作窝点，特别是卢象升下令收缴全城信鸽之后，天雄军的将士们在宁远城内开始了清查信鸽的行动，将所有养有信鸽的人，不论是个人，还是商铺酒楼，一并查封盘问。因为当时信鸽作为一种快速有效的通讯手段，并不是军队专用，很多大的商行，甚至是富户都会养有信鸽，以便各地的产业及时取得联系，所以这些人都有可能成为细作，或者说细作都有可能混在他们中间。卢象升的清查行动适时的终止了细作的活动，而且经过盘问搜查，果然发现了几个细作窝点。当这些窝点被捣毁之后，皇太极更是满眼抓瞎，城内的消息出不来，城外的消息探不到。根本不知道明军援兵究竟有多少，八旗兵更是有些人心惶惶。特别是蒙古军回来之后诉说他们在城下的遭遇，一传十十传百，搞得两黄旗和两白旗的大营也是风言风语，皇太极立刻做出决定，将蒙古军和八旗军的营地隔离开，不让蒙古军的负面情绪影响到八旗兵。而巴牙喇也遭受了不小的打击，干脆，皇太极将巴牙喇和葛布什贤超哈营对调，有巴牙喇做自己的护卫，葛布什贤超哈营负责配合四旗斥候侦查前方情报。