俞咨皋的大军既然失败，那么铜山城便再无援军。郑芝龙将缴获的明军火炮拉过来联合自己的舰队一起一刻不停的对铜山城进行饱和轰击，大军蜂拥而上，轮番攻打铜山城，打的守军毫无招架之力，洪万春被一颗炮弹击中当场殉国。卢毓英眼看洪万春惨死，连杀登城的数名郑军士兵之后，力竭被杀。
余下的守军看到两名主将战死，纷纷跪地投降。郑芝龙只用了两个时辰就攻下了铜山城，缴获兵甲铳炮无算，还得了数千明军战俘，灭了许心素，一时间周边的大小海贼，望风而降。郑芝龙的实力得到了巨大的发展，铜山大战后没几天又和盘踞在台湾南北的荷兰东印度公司舰队干了一仗，将荷兰人打的屁滚尿流。
郑芝龙在海上击败了荷兰人之后再无后顾之忧，尽起三军沿着铜山城北上，连续夺下了东山，漳浦二县，而此时厦门只剩下不到三千老弱之军，郑军两万人围城，不到一天时间就攻下了厦门，斩杀厦门卫指挥使张德功。但是郑芝龙进城后严明军纪，不得骚扰百姓，将城中富户钱财全部收缴，赈济贫民。
又开仓放粮，救济从闽北和浙南过来的旱灾灾民，一时间竟然尽得民心，很多灾民要给郑芝龙立生祠，供奉牌位，口称活菩萨。郑芝龙募兵，言发安家银十两，米一石。报名者踊跃，攻下厦门半月后他的兵马暴涨至近四万人，日本朝鲜大明沿海听到郑芝龙的名字都是如雷贯耳，真正做到了丰臣秀吉都没做到的显名于三国。江南震动，京师震动。
整个大明帝国刚刚沉浸在宁锦大捷的欢乐之中，还没到半个月的时间，就被东南沿海的战事浇了一盆冷水，天启皇帝大怒，责成三司会审，将俞咨皋拿问进京定罪。天启皇帝罕见的召集魏忠贤，黄立极，王绍徽，李春烨，张鹤鸣等等文臣武将前来勤政殿议事，商讨东南战事的问题。
天启帝问道：“诸位爱卿以为东南战事应当如何应对。”一干大臣看到魏忠贤仿佛如老僧入定一般不搭话，皆不敢多言。
天启帝见诸位大臣都不回答，提高声音道：“黄爱卿，你来说说吧，你作为我大明内阁首辅，想必应该有独到的见解。”
黄立极一听皇帝点了自己的名，他只是想做一个无为而治的首辅，反正有九千岁在上面，自己只要听九千岁吩咐即可，可是皇上点名又不能不回答，黄立极只得硬着头皮出列躬身道：“启禀万岁，我大明自太祖立国以来，便是土木之变都未向敌人做过任何妥协，今宁锦大捷，我王师士气正盛，天下万民对朝廷皆是充满信心，东南海贼势大，早在嘉靖万历年间便有倭寇出没，被戚继光消灭，万历援朝更是打出我天朝上国之威。”
“爱卿能不能说重点，朕问你有何良策？”天启皇帝有些不耐烦道。黄立极清清嗓子：“启禀陛下，为今之计，当遣一能征善战之将，督师东南，将郑贼一举歼灭，方不失我大明天威。”
“嗯，朕亦深以为然，不过该派何人督师东南呢？”天启皇帝追问道。
“老臣，老臣尚未觅得此最佳人选。”黄立极脑门上的汗珠都滴下来了。