当侯三痴在情报学校忙着入职的时候，杜远图来到了锦衣卫南镇抚司。
南镇抚司曾经是大明锦衣卫的内部监察纪律机关，就像相当北镇抚司是对外执行机关，而南镇抚司就是督查他们，防止他们乱搞的内部监察机关。
这种思想是好的，但是这种监察只能监察下面的小喽啰不要乱来，而锦衣卫争权夺利的高层确不再监察范围内。
后来朱慈烺启用李若琏的时候, 对方首先就是掌控南镇抚司，最后才掌握整个锦衣卫。
在争权夺利的过程中，朱慈烺不断的赋予南镇抚司跟北镇抚司相同的权利，甚至最后稳压北镇抚司。
朱慈烺称帝之后感觉锦衣卫权利的过分集中不利于皇权的管理，所以在把锦衣卫缇骑司剥离的同时也对锦衣卫职权进行了重新划分。
这份改革实际上就是回归了锦衣卫原本的职能划分，让南北镇抚司各归本位。
而唯一不同的地方就是，朱慈烺改革之后，锦衣卫中从指挥使一人可以向他报告锦衣卫事务改为有四个人都可以报告锦衣卫事务。
其中除了锦衣卫指挥使之外, 还有禁卫皇城的禁卫锦衣卫副指挥使和南北镇抚司的司正。
四人虽然名义上有隶属关系，实际上锦衣卫经过改革之后其已经跟军部相似。
锦衣卫指挥使无权直接插手除了北镇抚司之外的事务，只能从中做协调作用，如果陛下下旨侦办重大案件授权时，才可以调集其他的力量。
就跟军部总参谋长虽然是军部最大的军官，但是总参谋长除了调动军队的规划权限之外，对于军部其他部门并没有隶属管理关系，总参谋长只是一个协调人员。
这样的结构还有内个的首相制度和皇明商号的总管制度，都是如此。
四权分立相互独立，权利集中的同时又相互分散，对于下面的臣子朱慈烺是即想让他们干活背锅，又不想让他们有太大的权利。
锦衣卫中不仅有南北镇抚司，还有锦衣卫装备司、锦衣卫后勤司、锦衣卫事务司、档案司、情报学院、以及产业司和蜚卫等等特殊部门。
有些是仿造军部设立，有些是特有的。
例如这档案司，档案分级管理，分区管理，例如你在锦衣卫是江南区乙级人员，在获得相关查阅权限之后, 只能调取本级别本地区的人员档案。
想要越级越区查阅, 那必须要由档案司司正签批的文书，而一些甲甲级人员，甚至要有陛下的圣旨才能开启档案查阅权限，因为那些人员的档案资料有一半的钥匙是在朱慈烺手里，资料也是朱慈烺亲自放进去的。
锦衣卫是个特殊机构，他的档案管理级别非常高，和南北镇抚司是同等级别。
情报学院就不用说了，教育和培养人才始终都是大事。
产业司主要管理锦衣卫为了隐藏身份而购买的产业，有些有继续经营价值的，锦衣卫要派人继续经营下去。