天使彦就此离去，而雄兵连那边也跟孙悟空发生了一番大战，最终孙悟空跟着雄兵连一起来到了超神学院的新基地，巨峡号航母。
而此刻，饕餮文明的舰队也越来越逼近地球，饕餮王噬獆更是先派出了一支先锋舰队前往地球试探一番，毕竟地球上有超神学院的存在，噬獆也不敢有所大意。
于是大战一触即发。
而就在此时，萨博的实验室也发生了一个意外，原本正在实验时间宝石的过程中，时间宝石内的能量突然发生了不可控的变化，只是一瞬间的功夫，萨博的秘密基地便彻底化为了废墟。
得知这一情况的军方和超神学院纷纷派人前来查看，但却没有发现萨博、擎天以及索顿的踪迹，仿佛他们从人间蒸发了一下，而军方和超神学院也已经没有功夫再继续寻找他们。
因为战争爆发了。
饕餮的先遣舰队虽然在巨峡市上空被雄兵连击败，但随着天使之王凯莎的降临以及恶魔女王莫甘娜，还有死神卡尔的出手，局势瞬间发生了极大的变化。
先是莫甘娜和卡尔联手，利用太阳之光蕾娜，灭掉了天使之王凯莎，狙杀了杜卡奥，更把雄兵连打得七零八落。
而后便是前往费雷泽对付莫甘娜手下剑魔阿托的葛小伦和天使彦，遭到了阿托的意外阻击，趁着天使之王凯莎陨落之际，一举击杀了天使彦，重创了葛小伦。
但天使彦紧急启动了自己体内的虚空引擎，将葛小伦送回了地球，并遇到了体内力量解禁之后的蕾娜，蕾娜吓走了剑魔阿托，并给葛小伦传输了一些能量，天使彦也因此分享了一部分的能量，在费雷泽又活了过来。
而此刻，地球已然陷入了战火之中，莫甘娜和饕餮大肆入侵，使得地球各国伤亡惨重，文明陷入了一片混乱，雄兵连的成员也在华夏各地纷纷组织军队，对饕餮、恶魔展开了反击，这将是一场拉锯战。
与此同时，莫甘娜盯上了蔷薇，与从费雷泽归来的天使彦不期而遇，但因为双方记忆都遭到对方修改的缘故，一时倒没有再打起来，随后在寻找蕾娜的过程之中遇到了潘震，天使彦借助潘震的绝密之物恢复了体力，紧急继任了天使之王的位置。
于是乎，又一场天使与恶魔的战争即将拉开序幕。
而葛小伦在地球苏醒之后，遇到了赵信与炙心，在炙心的指导之下，利用葛小伦的反虚空和炙心的虚空引擎，创造出了一个神奇的控制终端，被葛小伦命名为雄芯，比之普通的虚空引擎还要强大。
随着葛小伦对雄芯的开发，他所组织起来的华夏军队也开始对饕餮展开了反击，不断地收拢各地的军力，并与刘闯等人汇合，一起向着北之星进发。
而此时，巨峡市的一片废墟之中，一道空间虫洞突然出现，三道身影突然从里面闯了出来，虽然并没有什么异样，但看起来似乎有些狼狈，他们正是一年前消失了的萨博、擎天和索顿三人，不过与一年前相比，三人却是发生了翻天覆地的变化。