在把张同敞带走之前，孔有德也没忘了还以颜色，同样把他也给鄙视了，张同敞欲同他对骂，奈何孔有德无赖的很，根本不给他第二次机会。
有人来堵他们的嘴，张同敞二人自然不肯，厉目回瞪回去，而后不再同孔有德废话，而是双双昂首阔步走出了衙门。
二人被幽禁在小黑屋里四十多天，在泅渡漓江回桂林城之前，张同敞便对他的朋友钱秉镫说“时事如此，吾必死之。”
而孔有德关押二人是想要劝降二人，又怎会如愿呢？不久后孔有德还查获了二人传递给外面的密信，见这二位关押的越久越有精神，还给锦衣卫充当起间谍来了，孔有德发现留下他们只能是徒增后患，终于下令将二人处斩。
张同敞二人被囚禁四十多天后，于桂林叠彩山仙鹤岭下就义。
临刑前张同敞腹稿了绝命诗一首，而他双臂一段，这些日子一直是于元烨帮他代笔的。
可被行刑的当天，据说张同敞的右臂忽然就能伸动了，左臂则仍然动不了，而当他写下了这首绝命诗后，右臂复又痛不可忍。
后人嗟叹此诗，真的是绝笔。
此诗无名，开篇有一句写给瞿式耜的寄语，并让瞿式耜将此诗转寄给雪公和道公两名老师，他说
敢烦老师寄雪公、道公两师，如别山之左右手也。孤臣同敞囚中草。
一月悲歌待此时，成仁取义有天知；
衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。
破碎山河休塟骨，颠连君父未舒眉。
魂兮懒指归乡路，直往诸陵拜旧碑。
据说，张同敞的人头被刽子手砍落在地时，他的头颅弹跳了三下，天空也同时响起了三声震雷，吓得在场的刽子手和清军们全都周身打了个哆嗦。
孔有德更是双膝一软，扑通跪倒在张同敞面前，磕头如捣蒜，把额头前的月亮门儿全都给磕破了，还一边磕头一边扇自己耳光说“张大人啊，是小人该死，小人该死，小人错杀大人了，以后啊，有德保证年年拜祭大人!”
与他二人同殉难者还有靖江王朱亨歅，这位其实是永历皇帝的皇位的竞争对手来着，还曾造反夺过他皇位的，南明的朱家子孙根本就没有任何同宗同胞的情义，相互间剩下的就只有撕逼了。
只是靖江王朱亨歅想要登基，因瞿式耜不支持他，而支持永历皇帝，朱亨歅麾下大将焦琏又把他给卖了，是以朱亨歅兵败后一直被幽禁在桂林。
如今靖江王朱亨歅终于可以重见天日了，可马上又将前往另一个世界。
张同敞殉国后，曾和方以智一同被王化澄迫害，便也选择出家为僧的金堡，致书一封给孔有德，请求准许他去收殓尸身。
孔有德没有拒绝金堡的要求，只不过金堡一个无处挂单的僧人也没什么银钱，只能将几人薄棺浅葬于白鹤山下，（现桂林市七星区朝阳乡唐家村东侧）。