《秒速五厘米》的故事一共有三个，但又能够说是只有一个故事。
坐在椅子上，面对着办公桌的佐佑用左手撑着脑袋，右手不断在特典上面签名，听着电影播放时传过来的声音。
现在播放到了哪里呢？估计是才刚刚开始，那么应该是到了主人公乘坐列车的场景了吧，佐佑倒是十分喜欢那一幕的镜头和背景。
虽然有些疲倦，不过却依旧对此会心一笑，现在的时光可以说是相当的难得。
这个办公室里面只有佐佑一个人，其他人大部分多跑到了放映室去，估计都想要看一看放映室的样子吧。
不过那种地方应该跟动画差不多呢，只是设备有着许些不同。
看着眼前的特典，佐佑呼出一口气，整个人要轻松不少，接下来就必须好好的工作了。
外面的电影院正按照预定开始了放映，一切都顺利的进行着。
秒速五厘米的故事，就在这里开始了。
第一话《樱花抄》——远野贵树因为父母调职而转校来到东京的小学。一年后，篠原明里也转校来到同一班级。两人因体弱多病，不擅长运动，而喜欢独自待在图书馆。虽然年纪还小，可是两人还是互相吸引，对方在自己心中的存在渐渐变得无法取代。
一开始的这个故事对于观众而言，或许具有吸引力的地方不是年纪很小的他们对对方所产生的感情，而是会喜欢上他们采取的行动，喜欢上身处于静谧图书馆的他们吧。
每个人的想法都会有所不同，但是对于童年，许多人估计都会有所怀念才对。
喜欢上的那个人也好，感兴趣的那个同学也罢，都是无法取代的回忆，所以秒速五厘米用色彩、图画以及对白的方式将其体现了出来。
曾经热爱的东西。现在讨厌的事物，不变的童年在人长大之后发生了巨大的改变，正如故事中的他们一样。
他们两人亲密的世界因明里再度转校而悲哀地告终。之后，贵树一直努力地适应没有明里的世界。但在中学一年级的夏天，贵树收到明里写给他的信时，感情一下子再度涌现。他们开始通信，并再次得到能够互相传达心意的幸福。
那年冬天，贵树要转校去一个遥远的地方。比现在分开得更远，可能再也不能见面。于是两人在信中约定了再见面的时间。
这个约定便成为了第一话《樱花抄》的故事中心，为了完成约定的远野贵树乘坐列车去往明里所在地方。
寒冬飘落的雪。列车上看着倒退景物的贵树，车站中静待于火便的明里，冬天的寒冷依旧无法阻隔两个人的思念。
青涩而又苦涩的故事就这么徐徐展开，冬天的季节，冬天的分别即将来临。
第二话《宇航员》——中学二年级的第一天，澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。